上海质量体系审核中心分别于2012年9月15日~18日、9月24日~25日对中国海诚工程科技股份有限公司运行的质量、环境和职业健康安全管理体系、咨询公司和海诚建筑设计院的质量管理体系进行了监督审核。内容涉及：工程咨询、工程设计、工程总承包和项目管理、施工图审图等相关活动。
本次审核覆盖的部门主要有：公司领导、第二咨询设计所、第四咨询设计所、第六咨询设计所等生产部门，采购部、造价部、施工管理部等专业部门，项目管理部、技术质量部、总裁办公室、财务部、员工代表等职能部门，咨询公司和海诚建筑设计院等子公司，以及农夫山泉陕西太白山饮料项目（项目管理项目）和光明乳制品中央控制技术生产线技术改造总承包项目（含施工和安装资质项目）现场。
审核过程中，各部门领导/主管领导、项目经理/项目负责人参与了审核，介绍了部门及项目体系运行情况，提供了公司和部门管理及项目运行记录，并回答了审核员提出方方面面问题，为公司和项目管理体系运行有效性提供了见证记录。同时也提出了许多改进的意见。
末次会议上，审核组对公司QEHS管理体系目标指标完成情况、资源投入、管理体系自我完善机制的正常运行、项目报优评优等工作成效表示肯定；提出希望依据《工程建设施工企业质量管理规范》，强化对施工总承包项目的精细化管理，按期完成对新版《职业健康安全管理体系要求》标准的转换工作。会议最后，公司管理者代表林洪扬副总裁代表公司在会议上发言，对审核组在总承包项目现场和公司各部门的审核及提出的问题和改进意见表示感谢，并表示公司将关注提升咨询设计管理水平的同时，注重加强工程总承包（尤其是施工总承包）项目的管理；对于本次审核中发现的问题将加以梳理，在下一阶段中研究、讨论并制定切实有效的措施实施持续改进。